温州医学院外事处、港澳台办公室是温州医学院党委、行政外事工作的执行机构，是学校执行国家外交政策和教育外事政策、处理全校涉外事务的一个归口管理职能部门，肩负着政策把关和外事管理的双重职责。其主要职责如下：
一、贯彻、执行中央和上级领导机关关于外事工作的方针、政策和规定。
二、管理、指导、协调全校及附属医院的外事工作。
三、负责与国外高等院校、教育文化机构建立合作与交流关系的工作。
四、负责以学校名义对外联系工作，审核并办理国外来校团组、专家邀请工作和相关工作。
五、负责全校性国外来访人员的联系、接待工作以及全校性重要外事活动的组织、协调工作。
六、负责学校出国人员选派、审批、报批、出国手续办理以及援外医疗队员的选派、管理工作。
七、负责招收和派出留学生的对外联系工作，留学生的出入境手续办理及管理工作。
八、负责外国文教专家与教师的联系、聘请以及来华手续办理、管理等工作。
九、协同有关部门共同做好对外宣传、保密及安全保卫工作。
十、负责港澳台事务处理。